Агент 53x - это визуальный роман, который начинается с вас, поскольку главный герой мужского пола уже 8 лет находится в частной школе-интернате. Твой отец пришел на твой выпускной и забрал тебя домой. По дороге домой произошло автокатастрофа, и твой отец умер. Вы были в коме в течение года. Вы просыпаетесь и обнаруживаете, что сейчас находитесь в странном городе и странном доме, в котором живут три прекрасные женщины, которых вы действительно не знаете.